El escritor alemán Hefele describió los autos de fe de la inquisición como «el acto solemne en el que se leían las sentencias que declaraban la inocencia de los reos falsamente acusados y en el que se reconciliaba con la Iglesia a los culpables arrepentidos». Es uno de los múltiples modos de definir a estos actos públicos que se celebraban principalmente en las plazas principales y que organizaba el tantas veces recordado tribunal de la Inquisición, siendo la ciudad de Toledo una de las que tuvo tribunal inquisitorial, que se ubicó hasta en cuatro sedes diferentes. Erróneamente se entiende el auto de fe como el juicio durante el cual se va a determinar quiénes eran los culpables de herejía y, por tanto, los que debían morir en la hoguera. En cierto modo fue así, pero con muchos matices; el sentido del auto de fe era el de recibir a los condenados que abjuraban (abjurar es retractarse o renegar de algo, en este caso de algún pecado o herejía) y posteriormente se arrepentían, con lo cual una vez reconciliados podrían seguir bajo el manto de la iglesia cristiana. También había un trasfondo educativo y moral, con el que se intentaba acabar con las herejías y promulgar la doctrina cristiana. Por otro lado, la Inquisición podía condenar a muerte a sus presos, algo que ocurrió en muy contadas ocasiones, aunque en estos casos, los inquisidores no ejecutaban la sentencia, sino que era el llamado brazo secular, o lo que es lo mismo, la autoridad secular quien realizaba esa ejecución. 

El día anterior a la celebración de los autos de fe, tenía lugar una solemne procesión que arrancaba con el estandarte o pendón de la cofradía del Santo Oficio (el símbolo más representativo de la Inquisición era la famosa cruz verde), tras el cual desfilaban familiares, comisarios y notarios del mismo; a continuación, religiosos de diversas órdenes como dominicos, franciscanos y trinitarios a los cuales acompañaba la autoridad civil, militar, nobles y otras personalidades de la ciudad. Y en el día del auto de fe, después de la llegada de las mismas autoridades citadas, se comenzaban a leer las sentencias de los condenados a las abjuraciones, que eran de dos tipos: de levi y de vehementi, terminadas las cuales el inquisidor se revestía con sus ornamentos y preguntaba a los penitentes: «¿Creéis que es Dios uno en esencia y trino en personas?, a lo que respondían todos: «Sí creo». A continuación, el inquisidor rezaba el exorcismo y otras tantas oraciones, al final de las cuales cantaba el Miserere. Si en el auto de fe había personas a las que se debía relajar (es decir los impenitentes) acudía la justicia civil para ejecutar la sentencia de muerte o en su caso acompañarles al patíbulo correspondiente. Aquellos que se reconciliaban eran despojados de sus sogas y corozas, pero se seguían quedando con su sambenito. 

El primero de los autos de fe celebrado en la ciudad de Toledo tuvo lugar un frío 12 de febrero de 1486, unos meses después de la llegada a la ciudad imperial de este tribunal, que se instaló aquí procedente de Ciudad Real un 15 de junio de 1485, permaneciendo en funcionamiento durante casi tres siglos y medio. En aquel auto de fe se acusaron a 750 personas, entre hombres y mujeres, procedentes de hasta siete parroquias distintas de la ciudad. Previamente el día de la víspera se habían preparado los tablados, así como el trono del inquisidor general y del resto de personalidades. También se colocaba un pequeño altar, donde se ubicaría el día del auto de fe la cruz verde. 

Veamos cómo se describió aquel auto de fe del 12 de febrero: «Con el gran frío que hacía, y la desonra y mengua que recebían por la gran gente que los mirva, porque vino mucha gente de las comarcas a los mirar, iban dando muy grandes alaridos, y llorando algunos se mesavan; créense más por la deshonra que recibían que no por la ofensa que a Dios hicieron». Una vez llegaron a la iglesia mayor de Toledo, se les impuso la señal de la santa cruz y una vez dentro del templo, se les dijo misa y les predicaron, leyéndoseles uno a uno los motivos por los que se les había acusado de judaizar. Se dice que los reos iban descalzos, y por ello les colocaron unas goletas debajo de los pies. Finalmente, se les dio penitencia pública y finalizó el auto de fe. Otra parte de la condena consistía en hacerles pagar una multa que consistía en la quinta parte de sus bienes, para sostener los gastos de la guerra de Granada y cuentan las crónicas, que entre los procesados había importantes señores de la sociedad toledana del momento. Es importante señalar como en aquel primer auto de fe toledano, lo único que se quemó fueron las velas verdes (verde como color de la esperanza) que llevaban los reconciliados, es decir no hubo quema de herejes, ya que todos fueron reconciliados, algo que efectivamente nos ayuda a aplacar las opiniones tremendistas de que en estos actos murieron cientos de personas, algo que como estamos viendo, no ocurrió habitualmente. Fíjense que, en el mes de abril siguiente, también se celebró otro auto de fe en Toledo, esta vez con novecientos penitenciados, los cuales también fueron reconciliados y seguidamente, el uno de mayo también de 1486, un tercer auto de fe en el que se sentenciaron a otras setecientas cincuenta víctimas y a finales de año (10 de diciembre) un cuarto auto, en el que se llamó a novecientos cincuenta penitentes y de nuevo, en ningún caso se quemó a hereje alguno.

No olvidemos que también existieron los llamados autillos, es decir los autos de fe que tenían lugar dentro de las sedes inquisitoriales, que se celebraron entre otros lugares, en el toledano convento de San Pedro Mártir, en la iglesia de San Vicente (unida a la tercera sede de la inquisición en Toledo) o como ya indicábamos, en la propia catedral de Toledo.